Działalność naukowo-badawcza i dydaktyczna Zakładu Teorii i Estetyki Muzyki skupia się wokół trzech zasadniczych zakresów: historii, teorii oraz estetyki muzyki. Problematyka historyczna obejmuje: 1) historię muzyki polskiej XIX wieku ze szczególnym uwzględnieniem twórczości Fryderyka Chopina; 2) wybrane zagadnienia z powszechnej historii muzyki XIX wieku (twórczość Roberta Schumanna); 3) historię muzyki polskiej XX wieku (twórczość Karola Szymanowskiego, Kazimierza Serockiego, Romana Palestra, Witolda Lutosławskiego i innych przedstawicieli tzw. polskiej szkoły kompozytorskiej); 4) powszechną historię muzyki XX wieku (twórczość amerykańska i europejska). Problematyka teoretyczna obejmuje współczesne metody analizy dzieła muzycznego, zaś problematyka estetyczna — dzieje nowożytnej myśli o muzyce od wieku XVIII do współczesności. Funkcję kierownika Zakładu sprawowali: prof. dr hab. Zofia Helman i prof. dr hab. Zbigniew Skowron. Do końca 2020 roku pracownikami Zakładu Teorii i Estetyki Muzyki byli: Dr hab. Tomasz Baranowski, Dr Agnieszka Chwiłek, Dr hab. Iwona Lindstedt, prof. uczelni, Dr Katarzyna Naliwajek, Dr Paweł Siechowicz.

Zakład Powszechnej Historii Muzyki obejmuje w działalności dydaktycznej i naukowej muzykę i kulturę muzyczną od XVII do pocz. XX wieku, tj. od okresu baroku do końca neoromantyzmu w muzyce. Koncentruje się nie tylko na analizie struktury dzieł muzycznych tych epok, ale także na ich kontekście teoretycznym, estetycznym, historycznym oraz na kontekście społecznego odbioru, łącząc europejskie prądy i zjawiska muzyczne z kulturą na ziemiach polskich. W Zakładzie prowadzone są zajęcia obowiązkowe i fakultatywne (wykłady, ćwiczenia, pracownie, seminaria) z zakresu historii muzyki baroku, klasycyzmu, romantyzmu i neoromantyzmu oraz z historii polskiej tradycji muzycznej okresu oświecenia i XIX wieku. Wydawane są zeszyty naukowe p.n. Prace Zakładu Powszechnej Historii Muzyki. Do końca 2020 roku pracownikami Zakładu byli: Dr Viktoryia Antonchyk, Dr Tomasz Górny, Dr Aneta Markuszewska, Dr hab. Szymon Paczkowski, prof. uczelni, Dr hab. Anna Ryszka-Komarnicka.

Zakład Historii Muzyki Polskiej został założony przez ks. prof. dr. Hieronima Feichta z intencją prowadzenia badań nad polską tradycją muzyczną od czasów najdawniejszych po współczesne, a w szczególności studiowania i opracowywania źródeł. Służyła temu ich inwentaryzacja (1957–1966) oraz edycja serii Antiquitates Musicae in Polonia (1963–1976). Zakres badawczy Zakładu z czasem uległ zmianie obejmując staropolszczyznę muzyczną do końca XVIII wieku oraz muzykę zachodnioeuropejską średniowiecza i renesansu. Tematyka ta, uzupełniona zajęciami z kontrapunktu, znajduje swe odzwierciedlenie w dydaktyce. Zakład realizuje swój własny temat badawczy Fontes artis musicae in Polonia. W latach 1969–2003 Zakładem kierował prof. dr hab. Mirosław Perz, a w latach 2003–2011 dr Elżbieta Zwolińska. Do końca 2020 roku pracownikami Zakładu Historii Muzyki Polskiej byli: Dr hab. Irena Bieńkowska, Dr hab. Tomasz Jeż, prof. uczelni, Dr hab. Agnieszka Leszczyńska, prof. ucz.

Zainteresowania badawcze i działalność dydaktyczna Zakładu Etnomuzykologii obejmuje kultury muzyczne całego globu. Ze zrozumiałych względów tematem głównym jest muzyka ludowa dzisiejszej Polski. Szczegółowo traktowana jest również kultura muzyczna mniejszości narodowych na terenie naszego kraju. Wiele uwagi poświęca się relacji muzyki polskiej do innych kultur, tak sąsiadów (Litwinów, Białorusinów, Ukraińców), jak i do pewnych zjawisk z krajów odległych (np. przejawów odrodzenia muzyki irlandzkiej). Szczególny nacisk kładzie się na przejawy tzw. "ożywiania" folkloru i roli mediów w utrwalaniu i zniekształcaniu tradycji. Inny istotny dział, to konfrontacje metod i postaw badawczych, uwzględniające porównawczo orientacje nauki amerykańskiej i rosyjskiej. Do końca 2020 roku pracownikami Zakładu Etnomuzykologii byli: Prof. dr hab. Piotr Dahlig, Dr hab. Tomasz Nowak.

Zakład Muzykologii Systematycznej prowadzi prace badawcze nad muzyką człowieka w kontekście jego osobliwości biologicznych i kulturowych. Prace te nawiązują do tradycji muzykologii systematycznej i mają charakter interdyscyplinarny, tzn. łączą rozmaite perspektywy i stosują metody charakterystyczne dla wyspecjalizowanych nauk o kulturze człowieka takich jak archeologia, antropologia kulturowa, psychologia, socjologia. Spektrum zagadnień znajdujących się w polu zainteresowania Zakładu jest więc szerokie i obejmuje po części dziedziny tradycyjnie zaliczane do muzykologii systematycznej, takie jak psychoakustyka, psychologia muzyki, socjologia muzyki, teoria muzyki, po części zaś etnomuzykologię i antropologię muzyki. Zajęcia dydaktyczne prowadzone w Zakładzie obejmują propedeutykę muzykologii, historię muzyki antyku, antropologię muzyki, psychologię muzyki, archeomuzykologię oraz akustykę muzyczną z instrumentoznawstwem. Prowadzone są też zajęcia z zakresu muzyki popularnej, muzyki filmowej, jazzu oraz zagadnień związanych z działalnością mediów. Do końca 2020 roku pracownikami Zakładu Muzykologii Systematycznej byli: Dr Mariusz Gradowski, Dr hab. Ewa Anna Gruszczyńska-Ziółkowska, prof. uczelni, Dr Sylwia Makomaska, Mgr Anastasiya Niakrasava, Dr hab. Tomasz Nowak.