Samorząd Studentów Instytutu Muzykologii UW stanowią wszyscy studenci Instytutu, którzy raz do roku podczas walnego zgromadzenia wybierają Zarząd Samorządu, przedstawiciela do Parlamentu Studentów UW oraz delegatów do Rady Naukowej Instytutu Muzykologii i do Rady Wydziału Historycznego. Samorząd włącza się w ogólnouniwersyteckie struktury samorządowe, których działalność określa i porządkuje Regulamin Samorządu Studentów UW, zatwierdzony przez Parlament Studentów, Senat i Jego Magnificencję Rektora Uniwersytetu Warszawskiego.

Zarząd Samorządu Studentów jest pośrednikiem w kontaktach między studentami a dyrekcją Instytutu i władzami wydziału, dba o interesy studentów, jest otwarty na ich postulaty i propozycje dotyczące toku studiów. Bierze udział w wyborach dyrektora Instytutu, udzielając poparcia kandydatowi na stanowisko dyrektora do spraw studenckich. Do obowiązków Zarządu należy także nadzorowanie pracy Komisji Stypendialnej.